O NUPES estabelece as seguintes linhas de pesquisa:

• I – Estudos clínicos-epidemiológicos básicos e aplicados
• II – Políticas públicas e qualidade de vida
• III – Cuidado integral à saúde do indivíduo, família e grupos étnicos
• IV – Meio ambiente e saúde
• V – Biodiversidade como fonte de novos medicamentos
• VI – Pesquisa em práticas integrativas e complementares em saúde
• VII – Fundamentos do saber e práticas do cuidar em Enfermagem